El manga shônen del mini detective más famoso del mundoAi está teniendo sueños extraños en los que los Hombres de Negro de la organización dan con ella y la eliminan. El terror se apodera de la muchacha cuando, mientras pasea con el resto de detectives infantiles por la ciudad, ve el Porsche 356 A de Gin, uno de los hombres que encogió a Shinichi. El muchacho decide ponerle un rastreador y seguir al coche mientras escuchan la conversación entre los malhechores. Así, Ai, el Profesor y Conan descubren que la organización planea cometer un asesinato en el hotel Haido, y que un tal Pisco, célebre asesino de la organización, se ocupará de materializarlo. Conan insiste en tratar de impedir el crimen, aunque su auténtico objetivo es dar con los Hombres de Negro. Sin embargo, los chicos no sólo no consiguen impedir el asesinato sino que Ai está a punto de morir a mano de sus antiguos compañeros. ¿Habrá descubierto la organización las nuevas identidades de los dos jóvenes?